O Μάνος Μανουσέλης εργάστηκε ως προπονητής των ομάδων γυναικών του Παλαιού Φαλήρου και του Σπόρτιγκ και στη συνέχεια ανέλαβε δις τα ηνία της ομάδας ανδρών του Πανελλήνιου.

Eχει περάσει επίσης από Απόλλωνα Πατρών, Έσπερο και Περιστέρι και από το 2008 ως το 2010 ήταν βοηθός του Παναγιώτη Γιαννάκη στον Ολυμπιακό, κατακτώντας το Κύπελλο Ελλάδας το 2010, σεζόν που οι «ερυθρόλευκοι» έφτασαν και ως τον τελικό της Ευρωλίγκας. Έχει διατελέσει ομοσπονδιακός προπονητής των Εθνικών Παίδων, Εφήβων και Νέων, κατακτώντας το ασημένιο μετάλλιο στο Μουντομπάσκετ Νέων του 2005 στην Αργεντινή και το χάλκινο μετάλλιο στο Πανευρωπαϊκό πρωτάθλημα Παίδων το 2013 στην Ουκρανία.

Στη συνέχεια ανέλαβε προπονητής και υπεύθυνος ακαδημιών του Πρωτέα Βούλας και τον Μάρτιο του 2017 συμφώνησε με την Αλ Σαντ του Κατάρ, ως πρώτος προπονητής.

Τον Σεπτέμβριο του 2019 υπέγραψε ως βοηθός του Λι Κίπινγκ στους Σανγκάι Σαρκς και από τον Ιανουάριο του ίδιου έτους ήταν προπονητής της κινεζικής ομάδας.