Ο Νίκος Κούστας είναι κάτοχος του UEFA PRO και άρχισε την προπονητική του καριέρα το 2013 στην Κύπρο Κορυδαλλού και ακολούθησε ο Άγιος Ιερόθεος (Μάρτιος 2017 – Νοέμβριος 2017). Το καλοκαίρι του 2018 ανέλαβε την ΑΕ Μοσχάτου, με την οποία έφτασε στην κατάκτηση του πρωταθλήματος στην Α’ κατηγορία ΕΠΣ Πειραιά και στην άνοδο στη Γ’ Εθνική.

Τον Σεπτέμβριο του 2019 κάθισε στον πάγκο της Κηφισιάς, την οποία οδήγησε τη στην κατάκτηση του πρωταθλήματος και στην άνοδο σε επαγγελματική κατηγορία για πρώτη φορά στην ιστορία της (Super League 2).

Τον Ιούλιο του 2022 ανέλαβε τον Πανιώνιο, στην τεχνική ηγεσία του οποίου παρέμεινε έως τις 20 Φεβρουαρίου 2023. Πλέον, εργάζεται ως πρώτος προπονητής της ΑΕΚ Β’.